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《校內單位》
《教學合作醫院》
除了本校自己的附設醫院，在臨床醫學教育上需仰賴合作教學醫院的協助，目前最努力在進行的工作就是整合主要教學醫院的師資、課程和教學等各項資源，耕莘醫院、新光醫院、國泰醫院與市立聯合醫院的各科醫師，在本校的教職，將更投入輔大醫學院的教學、研究和行政工作。
輔大目前四家主要教學醫院：天主教耕莘醫院、新光醫院、國泰醫院及市立聯合醫院，提供臨床醫學課程及醫學生實習環境。此外，台大醫院、台北榮民總醫院、亞東醫院及台南奇美醫院等醫學中心也是醫學生長期實習的場所。
主要教學合作醫院
其他教學合作醫院(依筆畫順序)