應用科學與工程研究所是一個整合了本校理工學院內之數學、物理、化學、生命科學、電機工程與資訊工程六個學系的特色而成立的博士班研究所。 本研究所於九十一年八月一日設立。研究所的創立乃為因應高科技發展及資訊化時代的需要，整合相關領域之師資、設備與研究，共同開發新科技契機。 本所之發展方向與重點為生物科技、光電科技、資訊數學、計算機工程與電機工程等五個跨基礎科學與工程之科技領域。特色在培育應用科技人才，讓學生依其專業興趣及才能在五個領域中選擇一個專攻領域，做精深博廣之培養。