本系於民國96年6月獲教育部通過成立，於九十七學年度開始招生。
輔仁大學醫學院為國內新興之醫學院，近三年來師資快速成長，並完成一萬四千坪醫學大樓之興建。

創設呼吸治療學系，本校醫學院延攬多位有實際臨床呼吸治療經驗且為研究所畢業之專業師資，並且經由本院實習醫院包含台大、榮總、耕莘、新光、國泰、奇美、彰基等的合作約定，提供建構成熟之教學環境與臨床實習環境；對未來輔大呼吸治療學系，教學上將強調理論與臨床之印證，同時擁有完整之基礎研究設備，除了能夠栽培出以人為本，倫理專業兼具之優秀呼吸治療專業人員，並對未來培育台灣呼吸治療師資貢獻心力。