本系的創立就是要發揚天主教會大學辦學精神，秉持「真、善、美、聖」的核心價值而培植具有人性關懷、奉獻精神及術德兼備的未來醫生。綜合近代醫學教育改革的主要元素及趨勢 ，專業要求及社會的期待而訂定本系的教育目標。以培養具有「人文素養、服務愛人、主動學習、四全照護」特質及技能的醫學生。

人文素養：
一個良醫的特質，必須具備有良好的「人文」及「科學」素質及養成，醫學人文的內涵使醫者具有人性關懷的基本技能，例如觀察力、分析能力、同理心、倫理思辨、自我反省、有多元觀點，瞭解人與人之間的責任，人類受苦的經驗；懂得探索健康如何受到個人、家庭、宗教、文化、社會、經濟及醫療體系的影響。本系在相關課程的推動頗受國內、外的肯定。(可參考「醫學教育中的人文素養」一書)

服務愛人：
醫學的責任以服務(Service)為出發點，在科學未發達的時代，醫學最主要的工作是照顧(Care)及慰藉(Comfort)；但隨著科學進步，克服及治療(Cure)疾病是醫學最終的夢想。因此以人為本的醫學，從健康的促進、疾病的預防、病患的照顧、治療與慰藉都少不了「服務」與「愛人」的元素，教會大學成立醫學系的主要使命也在於此。因次從大學、醫學院及醫學系都提供了豐富的正式(Formal)及非正式 (Informal) 課程、體驗及服務學習的機會，讓學生內化服務與愛人的認知、情感與行為。

主動學習：
醫學教育的主要及基本目的有三，醫療科學知識的傳遞、醫療照顧技巧的傳承及專業素養態度的傳習。隨著生物科學及資訊科技的進步，知識及技巧的「教」與「學」都必須有創新的作法，以因應知識爆炸時代及傳統授課的侷限。本系創立之初就是採用近代醫學教育最具激發主動學習精神的「問題導向學習」( Problem-based Learning , PBL )。輔大醫學系過去10年採用幾近全面性的PBL學習法，在台灣及亞洲都獲得高度肯定。(可參考「PBL教學實務」一書)

四全照護：
所謂四全照顧的理念，即(1)全人─綜合性之照護、考慮病人身、心、靈各方面需求；(2)全程─持續性之照顧，即有關病人生、老、病、死的每一過程都應照顧；(3)全家─以家庭為中心之社區性照顧。不僅病人，其家屬應從關懷和照顧；(4)全隊─團隊化之照顧。透過不同專業之合作，提供整合性之高品質服務。這個理念最初由天主教醫療體系及安寧療護所倡導，由本校醫學院創立時導入，目前已廣泛在各課程中介紹及落實。